¿el alumnado de secundaria debe tener adaptación en todas las áreas? ¿no es más lógico que sólo sean adaptadas las áreas instrumentales de lengua y matemáticas? puedes aclarármelo?

NO. Opino que está bastante claro en la ORDEN de 25 de julio de 2008, por la que se regula la atención a la diversidad donde establecen los distintos tipos de ACis que pueden existir en función del desfase curricular o necesidades educativas que presente el alumnado implicado.

De hecho, en el proceso de elaboración, incluso de las ACis significativas, se establece que pueden afectar sólo a algunas áreas. El arto. 15 .5b dice textualmente:
“Propuesta curricular por áreas o materias, en la que se recoja la modificación de los objetivos, metodología, conte¬nidos, criterios de evaluación y organización del espacio y del tiempo”

Saludos.